臥式裝盒機在制藥工業應用中有著其特殊性一面。按《藥品GMP認證檢查評定標準》4603條款規定：印有與標簽內容相同的藥品包裝物，應按標簽管理。也就是說，藥品外包裝盒的管理與標簽等同。基于藥品外包裝盒的特殊性也延伸了應用在制藥工業裝盒機的特殊性。其特殊性：
(1)臥式裝盒機要插入藥品說明書；
(2)紙盒宜隨機打印生產日期、產品批號、有效期等(如特殊藥品的監管碼)；
(3)裝盒的計數統計(應符合《藥品GMP認證檢查評定標準》4703條款中計數發放要求)；
(4)對內包裝藥品質量檢查；
(5)能適應換批/次的要求。對其它用途裝盒機而言這幾個特殊點均不需全部達到。
臥式裝盒機的形式與分類
(1)臥式裝盒機按被包裝物進入紙盒的方式可分為臥式與立式。其中，以被包裝物水平方向推入紙盒的機型稱為臥式，被包裝物垂直方向進入紙盒的機型稱為立式。目前以臥式居多。
(2)按zui終紙盒封合形式可分插舌式、膠粘式、混合式、加標貼、展開式、自鎖式等。
(3)按被包裝物的形狀可分為板狀(如泡罩包裝)、瓶狀、軟管狀、異形等。
(4)臥式裝盒機按被包裝物的規格可分為單件、雙件、多件、組合件(如1支抗生素瓶粉針+1支安瓿水針)等。
臥式裝盒機在藥品后道外包裝生產線的作用
藥品后道包裝是指出潔凈區域后的成品包裝，在現代制藥工業中藥品后道包裝生產線的主要組成和工序。
藥品后道包裝生產線的主要設備由裝盒機、枕形包裝機、熱收縮包裝線、裝箱機、封箱機、打碼機和打包機等，伴隨此線輔助設備還整理堆垛類、轉位或連接類輸送帶裝置、中間處理裝置以及檢測控制裝置等輔助裝置。可以說，裝盒機是整線的基礎，也是實現現代制藥后道包裝生產的必須。
臥式裝盒機在制藥工業應用中所面臨的問題，藥包材的成本與裝盒機對紙盒要求的矛盾
隨著這幾年國家多次對藥品的降價與藥品市場競爭的劇烈，以至藥廠更為關注生產成本，在降低藥品成品的各個環節中，作為中包裝的紙盒成本倍受人們關注，哪怕是一個紙盒能省0.5分的話，對批量生產來說也是一筆可觀的成本開銷。若采用手工裝盒操作的話，對紙盒質量要求較低，同時其尺寸較緊湊，這二特點會使一個紙盒至少省去0.01-0.02元。然而，一旦用裝盒機就會對紙盒與說明書會提出更高要求，且紙盒尺寸比手工裝盒要大。